Prvi grobovi so nastali kmalu po izgradnji zgodnjekrščanske cerkve z osmerokotno krstilnico s v drugi polovici 6. stoletja, ko je bil Kranj utrdba germanske vojske ob zgornjesavski poti v Italijo. Najstarejši grobovi so iz 7. stoletja, v njih so pokopani romanizirani kranjski staroselci. Po doseljevanju slovanskega prebivalstva se je število pokopov močno povečalo. Bogastvo in oblikovna izvirnost gradiva iz grobov 9. do 11. stoletja zrcalita pomen Kranja, ki je postal središče staroslovenske kneževine Carniole na ozemlju današnje Gorenjske.
Pokopavanje okoli župne cerkve sv. Kancijana se je nadaljevalo tudi v srednjem veku, ko se je mesto razrastlo po celotnem prostoru na pomolu med Kokro in Savo. Najkasneje
v 13. stoletju so ob severni strani župne cerkve postavili okroglo kostnico ali ossuarium. Vanjo so shranjevali kosti, ki so prišle na dan ob kopanju novih grobov. Kasneje so na istem mestu zgradili Marijino kapelo, ki je služila kot pokopališka cerkev. Prvič je bila omenjena leta 1317. Leta 1463 je kapelo dala obnoviti plemiška družina Egkh.
Zgornji del je bil namenjen pogrebnemu bogoslužju, v spodnjem pa je bila v tla vkopana rakev družinske grobnice z grbom in letnico 1475. Spodnji del kapele je služil tudi kot kostnica. Kapela je pogorela leta 1668, nekaj desetletij kasneje so jo zaprli in leta 1789 podrli ter zravnali z zemljo. Dogodek je povezan z izbruhom zadnje kužne bolezni v mestu in s sežigom številnih trupel na prostoru kapele. V tem času je bilo kranjsko pokopališče prestavljeno na severno obrobje mesta, kjer danes leži Prešernov gaj.
Med arheološkimi raziskavami leta 1972 je bil odkrit spodnji, zasuti del kapele z grobnico in grbom družine Egkh z letnico 1475. V notranjosti kapele, zatrpane z ruševinami in ostanki sežganih trupel iz časa zadnje kuge, je ob južnem zidu ležala skladovnica kosti iz starejših grobov. Med kapelo in današnjo župno cerkvijo so prepoznali ostanke zidov okrogle, romanske kostnice. Na zahodni strani kapele so prišli na dan temelji poznoantične krstilnice iz 6. stoletja. Pripadajoča zgodnjekrščanska cerkev pa je bila odkrita z raziskavami v notranjosti župne cerke leta 1982.