Muzej novejše zgodovine Slovenije se nahaja v Cekinovem gradu, ki leži na robu Tivolskega parka v Ljubljani. Baročni dvorec je dal med letoma 1752 in 1755 domnevno po načrtih arhitekta Johanna Georga Schmidta zgraditi grof Leopold Karl Lamberg. Čez desetletja ga je dobila v dar Ivana Lamberg, poročena z jahalnim mojstrom Lovrencem Szögenyjem. Njegovo ime so Ljubljančani poslovenili ter ga po njem preimenovali iz Lambergovega v Cekinov grad. Predmestni dvorec, sprva namenjen oddihu in zabavi radoživega plemstva, je še nekajkrat zamenjal lastnike. Med njimi je imela vidnejšo vlogo družina Petra Kozlerja, avtorja znamenitega Zemljovida Slovenske dežele in pokrajin iz leta 1853. Po drugi svetovni vojni je bil dvorec podržavljen; v njem sta dobila prostor Ministrstvo za notranje zadeve in Ljudska tehnika, leta 1951 pa se je vanj preselil Muzej.

Predhodnik Muzeja novejše zgodovine Slovenije je Znanstveni inštitut, ki je bil ustanovljen januarja 1944 pri IO OF (Izvršni odbor Osvobodilne fronte). Po ukinitvi Znanstvenega inštituta je vlada LR Slovenije 7. februarja 1948 ustanovila Muzej narodne osvoboditve. Jeseni 1951 se je Muzej preselil v Cekinov grad, se kadrovsko okrepil in leta 1955 je bila odprta prva stalna razstava.

Konec 50-tih let je Muzej začasno izgubil svojo samostojnost ter postal organizacijska enota novoustanovljenega Inštituta za zgodovino delavskega gibanja. Leta 1962 je bil s posebno uredbo ustanovljen Muzej ljudske revolucije. Sprva je bila zbiralna politika Muzeja usmerjena le na obdobje druge svetovne vojne, kmalu pa so začeli zbirati tudi gradivo za obdobje pred letom 1941 in po letu 1945.

Zadnje preimenovanje v Muzej novejše zgodovine Slovenije je bilo leta 2003 kot logična posledica obsega in vsebine zbiranja, hranjenja, proučevanja in razstavljanja muzejskega gradiva za zgodovino dvajsetega stoletja. V tem času je bila za javnost odprta tudi nova stalna razstava »Slovenci v 20. stoletju«, za katero je bil Muzej nominiran za nagrado Evropski muzej leta 1998.

Poleg stalnih je Muzej pripravil tudi nekaj sto občasnih zgodovinskih in likovnih razstav v lastnih prostorih ali kot gostujoče po Sloveniji, nekdanji Jugoslaviji in predvsem v zadnjem času po Evropi. Razstave so dopolnjevali katalogi, brošure, zgibanke in drugo spremno gradivo.

Muzej je odprt vsak dan od torka do nedelje med 10. in 18. uro, razen ob državnih praznikih - dela prostih dnevih, z izjemo 8. februarja, slovenskega kulturnega praznika. Vsako prvo nedeljo v mesecu je vstop v muzej prost.