Stalne postavitve obsegajo geološko-paleontološko zbirko s fosili iz slovenskih najdišč in osrednjim eksponatom, skoraj popolnim okostjem mamuta. Okostje je staro okoli 20.000 let, našli so ga v Nevljah pri Kamniku. Pozornosti vredna sta tudi 84 cm dolg ribji skelet, star okoli 210 milijonov let, ki je bil najden v Vratih ob Tominškovi poti na Triglav, in pa vosati kit iz miocena, ki so ga našli v Sv. Benediktu v Slovenskih Goricah.

Ena od ustanovnih zbirk je zbirka mineralov barona Žige Zoisa. Minerali so razvrščeni po današnji klasifikaciji, ki temelji na njihovi notranji zgradbi. Med njimi je tudi mineral zoisit, ki so ga poimenovali po baronu Žigi Zoisu. Na ogled sta tudi dve bidermajerski leseni mizi, obloženi s ploščicami iz Palnstorfove zbirke mineralov in kamnin.

Hohenwartova zbirka konhilij (lupin mehkužcev) je ustanovna zbirka, ki je ob svojem nastanku, leta 1831, štela 5000 primerkov. Primerki lupin so v glavnem iz indopacifiškega območja.

Nastanek zbirke žuželk prikazuje različne načine nabiranja žuželk v naravi in delo v laboratoriju. V zbirki žuželk Ferdinanda J. Schmidta so najbolj zanimivi primerki jamskih hroščkov imenovanih drobnovratniki, ki so bili opisani leta 1831 kot prve jamske žuželke nasploh.

Rastlinski in živalski svet planin, barja in gozda je predstavljen v alpski, barjanski in gozdni diorami.

Ogledamo si lahko še stalno zbirko ptic, plazilcev, rib in okostja različnih vretenčarjev. Človeška ribica ali močeril je eden tistih organizmov, ki so tesno povezani s pojmom Krasa in cele Slovenije. Poznana je veliki večini naravoslovcev in tudi med nestrokovnjaki po vsem svetu. Že nekaj deset let pa v našem muzeju ni primerno predstavljena kot slovenska naravna znamenitost. V postavitvi smo pripravili kratek film o belem in črnem močerilu, ki pa smo ga postavili v simbolično jamo s prikazom nekaterih drugih zanimivosti podzemeljskega živalstva.