Lutkoteka je del muzejskega programa in je namenjena oživljanju najstarejših lutkovnih predstav, ki so še posebej navdušile občinstvo in zaznamovale gledališki spomin. Nekatere kot del železnega repertoarja vztrajajo že desetletja, druge se vračajo v novi podobi. Spremljajo odraščanje novih ljubiteljev lutkovne umetnosti in predstavljajo dragocen del slovenske lutkovne preteklosti.
Lutkovno gledališče Ljubljana z muzejsko dejavnostjo opravlja pomembno poslanstvo. S predstavljanjem velikih lutkovnih mojstrov vzpostavlja skrb za slovensko kulturno dediščino, z lutkotečnimi uprizoritvami pa ohranja pomembno vez med preteklostjo in sedanjostjo. V izbor so namreč uvrščene predstave, ki so pomembno vplivale na razvoj sodobnega lutkovnega gledališča.
Zgodba o učenjaku, ki je svojo dušo zapisal hudiču, že stoletja navdihuje evropsko umetnost. Kot najslavnejša izpeljava motiva se je uveljavila nemška legenda o dr. Johannesu Faustu, zgodovinski osebnosti z začetka 16. stoletja. Njegovo življenje je preraslo v legendo, ki je v nemškem ustnem izročilu ponarodela in postala predmet številnih predelav in interpretacij. Odmev je doživela tudi v dramskem delu Christopherja Marlowa (1604), ki je Faustu namenil vlogo naslovnega junaka. Igra je bila kmalu prirejena tudi za lutkovni oder, še posebno priljubljena je bila v Nemčiji v 17. in 18. stoletju, sčasoma pa se je uveljavila kot del stalnega repertoarja po vsej srednji Evropi. Prav v marionetnem gledališču naj bi navdih za svojo dramsko pesnitev dobil tudi Goethe, veliki nemški pesnik.
Milan Klemenčič je priredil leipziški zapis lutkovne igre in jo leta 1938 uprizoril v svojem gledališču Miniaturne lutke. Po predstavi si lahko ogledate zaodrje znamenitega miniaturnega gledališča, izvirne lutke in prizor iz predstave pa si lahko ogledate tudi na stalni razstavi Lutkovnega muzeja na Ljubljanskem gradu.