Muzej je bil ustanovljen v začetku leta 1911, leto po uspešni razstavi v Kopru z naslovom “PRVA ISTRSKA DEŽELNA RAZSTAVA”, kjer je bila med drugim predstavljena kulturna dediščina Istre. Tedanja koprska občina je ustanovila MESTNI MUZEJ ZA ZGODOVINO IN UMETNOST (MUSEO CIVICO DI STORIA E D`ARTE), ki so mu po 1. svetovni vojni dodelili palačo Belgramoni - Tacco, v kateri domuje še danes. Leta 1954 je nekdanji Mestni muzej prerasel v OKRAJNI MUZEJ KOPER, leta 1967 pa se je preimenoval v POKRAJINSKI MUZEJ KOPER in deluje na področju občin Koper, Izola, Piran, Divača, Ilirska Bistrica in Hrpelje-Kozina.

V muzeju imamo poleg zbirk tudi KONSERVATORSKO RESTAVRATORSKO DELAVNICO, kjer se muzejski predmeti konservirajo in restavrirajo s ciljem upočasnitve njihovega nadaljnjega propadanja in pa tudi razvejano PEDAGOŠKA DEJAVNOST, ki je usmerjena v predstavljanje in populariziranje dediščine s področij, ki jih pokrivajo muzejske zbirke. Za otroke vseh starostnih stopenj, mladino in odrasle ter za obiskovalce s posebnimi potrebami se pripravlja pester izbor programov, od klasičnih vodstev po vseh zbirkah do tehniških in kulturnih dnevov, ustvarjalnih delavnic, dnevov odprtih vrat in tematskih predavanj.

ARHEOLOŠKA ZBIRKA
Prikazuje materialne sledove človekove prisotnosti, načina življenja in njegovega ustvarjanja na obalno-kraškem območju od najstarejših arheoloških najdb iz starejše, srednje in mlajše kamene dobe ter bakrene dobe, iz katerih so znane arheološke najdbe predvsem iz kraških jam. V bronasti in železni dobi se poselitev premakne v utrjene naselbine na vrhovih gričev (gradišča ali kaštelirji). Sledi rimska osvojitev Istre 178/177 pr.n.št. ter kolonizacija in postopna romanizacija predrimskega prebivalstva Histrov. O tem priča tudi gosta poselitev obalnih predelov, vpeljava novih kultur, kot sta oljka in vinska trta ter s tem povezan nastanek številnih rimskih kmetij (vile rustike). V pozni antiki se poselitev skoncentrira na prostoru, kjer so se kasneje izoblikovala tri obalna mesta (Koper, Izola, Piran), katerih urbani zametki segajo prav v ta čas. Sledi naselitev Slovanov v zaledju obalnih mest, ki je arheološko najbolje potrjena v Predloki pri Črnem Kalu. Z njo je povezan tudi Rižanski zbor v času Karla Velikega (domnevno leta 804), o katerem priča srednjeveški prepis originalne listine.

UMETNOSTNOZGODOVINSKA ZBIRKA
Gradivo stalnih umetnostnozgodovinskih zbirk je razstavljeno v prostorih palače Belgramoni Tacco in lapidariju na prostem.

Palača Belgramoni Tacco dominira na trgu, ki ga je nekoč z morske strani omejevala dominikanska cerkev s samostanom. Ohranja značilnosti poznomanierističnih beneških palač iz začetka 17. stoletja, z reprezentativnim glavnim pročeljem in prostorno vhodno vežo (atrijem). Na stenah vhodne veže je vzidan izbran epigrafski in heraldični material od 13. do 18. stoletja: velike grbovne kompozicije iz Pretorske palače, rekonstrukcija stolničnega južnega portala, plemiški grbi in posvetilni napisi.

Nekdanji okrasni vrtovi velike patricijske hiše so bili od leta 1919 spremenjeni v zunanji lapidarij. Predstavljeni so nekateri fragmenti rimskih napisov, kamnite krogle iz Levjega gradu ter kiparstva 14. do 19. stoletja (gotski loki iz atrija katedrale, renesančni kip Pravičnosti, napisne plošče, grbi, kamnoseška arhitekturna oprema koprskih palač).

Iz atrija nas v gornje prostore vodijo skrite stopnice, ki se na podestu razvejijo v dvoramno monumentalno stopnišče. Stene stopnišč krasijo portreti koprske plemiške družine Tarsia.V medetaži je zbirka srednjeveškega kiparstva z edino zbirko zgodnjesrednjeveške pleteninaste plastike na Slovenskem (9.-11. stoletje). Med raritetami: niz pater iz 12. in 13. stoletja, lev iz nekdanjega stranskega portala romanske stolnice in edikula z Marijo in donatorjem iz 1401.Zgornji podest nas vodi v t.i. »piano nobile« z glavno dvorano in nekdanjimi bivalnimi prostori.V dveh sobah levo in desno ob zaključku stopnišča, sta zbirki posvečeni poznosrednjeveški umetnosti v zaledju obalnih mest in glagolskim spomenikom.

Glavna dvorana in prostori z vitrinami predstavljajo najpomembnejše muzejske umetnine, ki so jih izdelali mojstri od 14. do 18. stoletja, kjer izstopata Elsinov mojster z Madono z otrokom in renesančna terakotna Madona iz Lože.Drugo nadstropje je namenjeno umetnosti 19. stoletja. Najpomembnejša slikarska dela so iz opusa domačega realističnega slikarja Bartolomea Gianellija.

Slikovita kolekcija mojstrov od klasicizma do moderne predstavlja različno tematiko, s posebnim povdarkom na portretistiki.

KULTURNOZGODOVINSKA ZBIRKA
Predstavlja predmete uporabne umetnosti in dokumentarno gradivo od poznega srednjega veka do 20. stoletja, ki je nastalo ali bilo uporabljeno na območju delovanja Pokrajinskega muzeja Koper. Predmeti pričajo o preteklosti obalno-kraškega prostora, o njegovih etničnih, gospodarskih, političnih in kulturnih posebnostih.

V stalni zbirki je razstavljeno predvsem gradivo 18. in 19. stoletja - pohištvo, svetila, ure, dokumenti, namizno posodje - in gradivo, ki predstavlja nekatere vidnejše osebnosti, ki so delovale na tem območju ter mu s svojim delom vtisnile poseben pečat (G. R. Carli, S. Santorio, A. Calafati). Poleg naštetega, kulturnozgodovinska zbirka hrani zbirko glasbil, ključev, ključavnic in tolkačev, pohištveno in kuhinjsko opremo, tekstil, lekarniško zbirko, zbirko orožja in zbirko drobnih vsakdanjih predmetov iz različnih materialov (pečatniki, kropilniki, nakit, modni dodatki...). Večina predmetov je zaradi pomanjkanja razstavnega prostora hranjenih v depojih in tako so žal skriti očem javnosti, nekateri predmeti pa so razstavljeni na drugih lokacijah v mestu, kot npr. v Pretorski palači.

ZBIRKA NOVEJŠE ZGODOVINE
Prikazuje boj Slovencev za obstanek na območju Brkinov, Ilirske Bistrice in predvsem v narodnostno mešani slovenski Istri ter prizadevanja za priključitev k matičnemu narodu. Razdeljena je na 4 obdobja, ki časovno segajo od ustavne dobe 1861 do londonskega memoranduma leta 1954 (Avstro-Ogrska, Kraljevina Italija, narodnoosvobodilno gibanje, vojaška uprava jugoslovanske armade).

Narodi v večnacionalni Avstro-Ogrski pod vladarskim žezlom Franca Jožefa so zahtevali narodnostne in socialne pravice. Tudi Slovenci so narodno zavest gojili in razvijali skozi društvene organizacije na kulturnem, prosvetnem, gospodarskem in političnem področju. Pomembno vlogo je opravila tudi narodnobuditeljska pesem - takrat sta se rodili primorska in prva slovenska himna. Z rapalsko pogodbo leta 1920 je bilo ozemlje, ki ga je zasedla italijanska vojska novembra 1918, dokončno priključeno Italiji.

Slika Toneta Kralja "Rapallo" simbolizira prelomnico v enega najtežjih obdobij Primorcev in Istranov, ko je fašistična Italija nameravala s svojimi raznarodovalnimi ukrepi (prepoved uporabe slovenščine v javnosti, ukinitev društev, prepoved tiska, zamenjava priimkov v italijansko obliko itd.) zbrisati večnacionalni značaj Julijske krajine.

Za Primorsko se je druga svetovna vojna začela leta 1940, ko so bili z vstopom Italije v vojno vpoklicani v italijansko vojsko vsi za vojsko sposobni moški. Narodnoosvobodilno gibanje (NOG) pa se je začelo razvijati leta 1941, in sicer v okviru slovenskega NOG, ki je pošiljalo svoje organizatorje na Primorsko. Med žarišči gibanja so bili Brkini, Ilirska Bistrica in Trst, Brkini pa tudi zibelka primorskega partizanstva.

Skozi slavolok, značilnim za tisti čas, vstopimo v prvo desetletje povojnega obdobja, zaznamovano z obnovo in izgradnjo na vseh področjih ter določanjem nove meje v nekdanji Julijski krajini in nazadnje množično izseljevanje italijanskih prebivalcev.

ETNOLOŠKA ZBIRKA
Je na ogled v beneškogotski hiši iz 14. st., ki stoji na obrobju nekdanjega mestnega obzidja na Gramscijevem trgu. V notranjosti stavbe, kjer je etnološka zbirka, je prikazana materialna in duhovna kultura Slovenske Istre, Brkinov in Čičarije ter Gornjega krasa od 17. stoletja dalje. Predstavljena so različno oblikovana naselja v kamniti kulturni krajini in posebnosti v stavbarstvu. Iz kamnoseške delavnice so kamniti predmeti, uporabljeni doma in pri delu, ter umetelno klesani arhitekturni detajli in samostojne skulpture. Poseben prostor je namenjen meščanski kuhinji, značilni za mediteransko območje. Na notranjem dvorišču so razstavljeni predmeti iz apnenca in fliša, v pokriti lopi pa kovaško-kolarsko delavnica.

Zbirka se zaključuje s predstavitvijo predmetov oblačilne kulture in dodatkov urbanega in ruralnega okolja od 15. do 20. stoletja na področju Slovenske Istre.

MUZEJSKA ZBIRKA PREM
Domuje na gradu Prem, kjer je v drugem nadstropju predstavljena arheološka soba, dvorana z gradovi v porečju Reke z Brkini. V prvem nadstropju pa so predstavljene restavrirane poslikave srednjeveške kapele Sv. Marjete iz 14. stol in poslikave slavnostne dvorane slikarja Marija Lanessa iz 30-let 20. stoletja. V kletnih prostorih pa je na novo postavljena grajska orožarna.

Muzejsko zbirko Prem sestavljata še Kettejeva spominska soba in cerkev sv. Helene, kjer so nastale prve poslikave slikarja Toneta Kralja iz 1921. leta. Zaradi arhitekturnih umetnostnozgodovinskih in etnoloških značilnosti je celotna vas Prem zavarovana kot kulturni spomenik.