Javni zavod Mestni muzej Idrija ima upravni sedež na idrijskem gradu Gewerkenegg, ki je bil sezidan v prvi polovici 16. stoletja. V okviru Mestnega muzeja Idrija delujeta dve organizacijski enoti: Oddelek Idrija ter Oddelek Cerkno.
Idrijski oddelek muzeja obsega stalne in začasne postavitve v danes prenovljenem grajskem kompleksu, kjer je na ogled stalna razstava Pet stoletij rudnika živega srebra in mesta Idrije, za katero je Evropski muzejski forum muzeju podelil nagrado fundacije Luigi Micheletti za najboljši evropski muzej industrijske in tehniške dediščine leta 1997.
Muzej upravlja in skrbi za mnoge tehniške in kulturne spomenike v Idriji, med njimi so idrijska kamšt, zbirka obnovljenih rudniških strojev in naprav v jašku Frančiške, rudarska hiša ter Partizanska tiskarna Slovenija na Vojskem.
Oddelek v Cerknem zaobjema Cerkljanski muzej, v katerem sta na ogled dve stalni razstavi: Cerkljanska skozi stoletja in PUST JE KRIV! – Pripoved o cerkljanskih laufarjih, prav tako pa cerkljanski oddelek vabi v Zakojco pri Cerknem, kjer stoji domačija pisatelja Franceta Bevka. Pred kratkim pa smo za oglede ponovno odprli rekonstruiran spomenik iz časa 2. svetovne vojne – Partizansko bolnico Franja v Dolenjih Novakih pri Cerknem.